Очень просто: если авто рассчитано на АКБ 55 Ач (ВАЗ стандартный), генератор «приучен» выдать, допустим, 10А ток максимум.

Чтобы заряжать аккумулятор, допустим, ёмкости 90 Ач, генератору придётся бОльшее количество времени работать с бОльшей нагрузкой. Плюс ещё зарядку АКБ надо делать (зачем — читайте на akkumulyatoravto.ru например) 10% от ёмкости, т.е. 5-6А для 55 Ач или 9А для 90 Ач батарейки.

Выходит, что родной генератор большую батарейку будет подзаряжать медленно, малым током, недозаряжать. Это сокращает срок жизни.